农作物基因资源与基因改良重大科学工程由国家发展改革委员会批准建设，总投资1.4 亿元，以中国农业科学院为依托单位，作科所和生物所共同承建，于2003 年11月竣工并投入使用。它是我国农业及生产领域目前唯一一个国家重大科学工程，是我国农业科学基础研究与应用基础研究领域能力建设的重大进步和标志性工程，现已成为国内同类研究共享的技术平台。主要围绕农作物基因资源和新基因发掘的理论基础与技术创新、作物重要性状形成的分子基础及功能途径，以及作物品种分子设计的理论基础与技术体系三大科学问题，重点开展水稻、玉米、棉花等主要农作物重要性状新基因发掘、功能基因组学、种质和亲本材料创新与分子育种研究。