生物技术研究所作为我国专门从事农业生物技术研究、并以农业生物技术前沿基础和应用基础研究为重点的国家级非营利性科研机构，基础研究是我所科技工作的源头，是我所培养科技创新人才的重要途径。

    自建所以来，我所就一直大力倡导农业生物技术基础研究，鼓励科技源头创新，充分挖掘潜力，积极探索新兴学科生长点，不断凝练我国农业生物技术领域的基础研究及我国农业高科技发展中的关键科学问题，并结合我所基础科研优势力量，围绕作物抗逆分子生物学、作物基因工程、生物反应器、作物功能基因组学和代谢工程、农业微生物功能基因组和酶工程技术、以及农业转基因生物安全性评价等研究领域进行基础研究。

    在所领导及全体职工的共同努力下，我所科研人员参与自然基金项目的深度与广度得到较大提升，应用基础研究取得了良好的成绩，极大提高了我所原始科技创新能力，并推动了我所基础科研工作整体水平迈上新台阶。同时，也为提升我院农业生物技术研究的整体水平，推动我院农业生物技术研究进入国际先进行列作出了重要的贡献。

    “十一五”期间，我所累计获得国家自然科学基金资助41项，合计资助经费达1587万元。今年我所基础研究项目立项成绩喜人，再获国家自然科学基金7项，经费217万元。研究内容涉及拟南芥RNAi文库的高效构建；固氮斯氏假单胞菌、斜纹夜蛾核型多角体病毒、水稻反卷叶型基因、乙烯应答因子、高等植物长链脂肪酸ω和拟南芥类金属蛋白酶等相关基因的功能鉴定及其分子机制研究。尤其值得提及的是，在“十一五”期间我所主持的国家自然科学基金所有在研项目中，我所林敏博士和黄荣峰博士作为我所主要学术带头人，分别在农业微生物资源的挖掘与利用和植物抗逆分子生物学方面开展了卓有成效的研究工作，在国内外同行中产生了重要的影响，因此荣获国家杰出青年基金项目各1项。